哈尔滨工程大学设有船海核学院、航天学院、动力学院、自动化学院、水声学院、计算机学院、软件学院、国家保密学院、机自学院、信息学院、经管学院、材料学院、理学院、人文学院、国际教育学院、继续教育学院、国防教育学院、马克思主义学院等。
据哈工程青岛校区官网介绍，该校区目前设有19个本科专业和6个硕士专业，是一所以工科为主的高等院校。截至2021年秋季学期，该校区共有来自全国各地的近11000名在校本科生和约1400名硕士研究生。其中，本科生人数占比较高，约占总人数的80%左右。此外，还有一部分留学生和交换生来到该校区学习，使得学校的国际化程度越来越高。综上所述，哈工程青岛校区目前的学生总数约为12400人左右。