南京。
这是因为明朝时的翻译，对国外影响很大，这个词用了五六百年了。
南京条约的英文就是Treaty of Nanking，而不是Treaty of Jiangning。而清朝时称为《江宁条约》，民国后改称《南京条约》。
南京”的英文名叫“NanKing”的由来：
威妥玛(1818--1895)，英国人。从1841年起在英国驻华使馆任职，1871年升为英国驻华公使。 威妥玛在华任职期间，为了外国人便于学习和掌握汉语、汉字，他以罗马字母为汉字注音，创立威氏拼音法。后来H.A.Giles稍加修订，合称WG威氏拼音法（Wade-Giles System）。