医保卡不能使用基金支付，主要是因为医保中的基金支付，也就是统筹基金支付，是指用统筹账户资金支付参保人相关医疗费用。这种支付方式不记入个人账户部分的缴费。
统筹基金的使用有两种情况：第一种是医保定点机构的住院（非生育，非工伤的情况），起付线以上，社保目录内发生的费用可以按比例报销；第二种是门诊统筹门规病种，由社会保险行政部门确定，需长期门诊治疗，费用由医保统筹基金按规定比例支付的部分大病和慢病。
因此，当您在药店或门诊使用医保卡刷卡消费时，实际上是使用的个人账户部分的资金，而非统筹基金。这也是为什么医保卡不能用来支付基金的原因。
1.系统问题，可以稍晚几天再查一下；单位缴费和您消费的延迟性；
2.员工从单位离职后，可能查询到医保个人账户余额显示为负数。
3.当职工离职前医保个人账户实际刷卡使用资金超过实际划入资金，在医保系统办理减员后医保个人账户就会产生负数了。
4.部分参保职工的医保账户余额成为了负数或者较之系统升级前有所减少，造成这种情况的主要原因是：原来的职工医保卡有存储功能，医保个人账户缴费到账后，参保职工首先需要将职工信息系统中个人账户到账金额充值到医保卡后，再使用医保卡刷卡购药。由于原来的职工医保系统不是实时传输的，参保职工在定点医疗机构或定点零售药店刷卡消费后的数据，需要定点单位的工作人员进行手动上传，才能使相关数据传输到中心数据库，再进行个人账户的冲减，这就造成了中心数据与医保卡数据的不同步。
5.由于系统升级前个别参保职工的医保卡异常（异常原因可能为医保卡芯片物理损坏、存放环境不当、与产生磁场的物体接触等），导致参保人在定点充值刷卡时读取数据有误,但数据库中的医保个人账户余额正常，从而导致IC卡上余额与医保个人账户中余额不一致，且大多数为IC卡上显示余额大于医保个人账户实际余额，甚至出现医保个人账户余额已为负数而IC卡上余额仍为正数的情况。在系统升级以后，无论使用原来的医保卡还是激活后的社会保障卡，读取的都是参保职工的个人信息，显示的账户余额是医保系统个人账户中准确的金额。