CKU 证书和 CKA 证书是两种不同的犬类血统证书，它们之间的区别主要在于颁发机构和权威性。

1. 颁发机构：CKU 证书是由中国畜牧业协会（CAAA）颁发的，它是中国大陆地区唯一的一家犬类血统证书颁发机构，具有很高的权威性。而 CKA 证书则是由台湾的犬业协会颁发的，其权威性仅限于台湾地区。

2. 权威性：由于 CKU 是国际犬业联盟（FCI）在中国地区的唯一合作伙伴，因此 CKU 证书在国际范围内也得到认可。而 CKA 证书在国际上的认可度相对较低。

3. 认证范围：CKU 证书主要针对纯种犬进行血统认证，而 CKA 证书则涵盖了更广泛的宠物犬品种，包括一些杂交品种。

总之，CKU 证书和 CKA 证书在颁发机构、权威性和认证范围上有所区别。如果你打算在国内购买纯种犬，建议选择拥有 CKU 证书的犬只，以确保其血统的纯正和优良。而如果你在台湾地区购买犬只，那么 CKA 证书则是更合适的选择。