生根粉在正常使用的前提下对作物的根是有很大的益处的，几乎没有坏处。但是，在严重的过量的使用当中会抑制根系的生长。生根粉的组成成分：那乙酸钠、咧哚乙酸。他们属于植物的内源激素，在他们的作用下，促进了植物的根系生长发育。在正常的浓度情况下，对植物的养根、生根起到了至关重要的作用。
当生根粉使用过量时，会导致根系生长受阻，株型矮小，叶片稀疏，枝干细软。会导致大量激素堆积，发生腐烂、枯萎，甚至死亡的现象。
会导致扦插的成活率大大下降，抑制生根的速度，造成植株生长严重营养不良的现象发生
生根粉直接倒在根上可能会导致植物死亡。因为生根粉含有高浓度的激素，直接应用可能会过度刺激植物的根系，导致根系腐烂、发生变异等问题，从而影响植物的生长和发育。
正确的使用方法应该是将生根粉稀释后涂抹在植株的切口上，或者将生根粉加入到浇水中进行使用，避免直接接触到植物的根部。同时也要遵循使用剂量和使用频率的建议，以免引起植物的枯萎和死亡。